Eine regionale Chemotherapie, zum Beispiel nur in einem Arm oder Bein, ist die Ausnahme: Man kann so zwar hohe Konzentrationen der Wirkstoffe im Krebs erreichen und den übrigen Körper etwas schonen. Aber die Vorbereitung erfordert einen chirurgischen Eingriff, der seinerseits belastend ist. Diese Behandlung ist nur bei sehr wenigen Krebsarten überhaupt ein Thema, zum Beispiel bei schwarzem Hautkrebs, dem Melanom.
Um Krebs zurückzudrängen, der sich von inneren Organen auf das ganze Bauchfell ausbreitet, kann gezielt die Bauchhöhle mit einer Chemotherapie gespült werden. Das erfordert aber ebenfalls eine mehr oder weniger große Operation und kommt wegen der Belastung nicht immer infrage.
Viele Zytostatika können kaum ins Gehirn oder ins Rückenmark gelangen: Das zentrale Nervensystem wird durch feste Häute und das Nervenwasser geschützt, den sogenannten Liquor. Gegen Hirntumoren und Hirnmetastasen kann dann eine Chemotherapie-Gabe direkt in den Liquor sinnvoll sein.